浙江大学海洋科学与工程学系自2009年5月7日揭牌成立以来，受到了学校党政领导的高度重视与支持。海洋系的建系工作在张曦书记以及杨卫校长的直接关心与支持下，在吴朝晖副校长的牵头领导下，在短短的2个月内取得了扎实的成效。海洋系党政领导班子的成立、海洋系各研究所的初建成形、学系办公机构人员组建、科技示范岛——舟山摘箬山岛的规划、海洋学科海内外人才引进、浙江省重点学科申报，以及学系学科发展规划的制订等工作的扎实开展，为海洋系建设及发展缔造了良好的开局。

随着海洋系建设初期工作的进一步开展，海洋系全体教职人员将进一步深入领会国家、浙江省以及学校领导对于海洋领域的战略方针与部署，按照深入学习实践科学发展观的要求，分秒必争、开拓创新，加大力度整合校内外资源，为海洋系今后的发展奠定扎实的基础，为浙江大学建设符合时代特征、中国特色、浙大特点的世界一流大学做出努力。

2009年7月13日下午，吴朝晖副校长在地方合作处朱世强处长的陪同下，来到位处西溪校区东横教学楼浙江大学海洋科学与工程学系开展工作指导与调研，并主持召开了海洋系的建设及海洋系参与海上浙江建设的工作情况现场工作会。海洋系整个班子参加了工作现场会，并向吴朝晖副校长汇报了近期工作情况。

吴朝晖副校长在开展工作指导中，对海洋系的建设及海洋系参与建设“海上浙江”的工作提出了明确的要求和希望。他指出海洋系党政领导班子要进一步厘清工作思路，做好学科规划与队伍建设，注重对外合作与国际交流，稳步推进海洋系建立之初的各项工作。同时他还提出海洋系应作为核心力量大力参与和推进舟山“海上浙江”示范基地的建设中去，进一步开展与舟山市的深度合作。