舟山校区实验室建筑面积约5万平方米，其中大型实验楼建筑面积27133平方米。

专业实验室：海洋工程装备国家地方联合工程实验室、海洋岩土工程与材料浙江省重点实验室、 海洋观测-成像试验区浙江省重点实验室、浙江省“智慧东海”协同创新中心等。

海洋工程类设施：以“三池、六槽、一筒、一台”为代表的海洋工程实验设施群。三池：消声水池、波-流动床浑水港池、操纵性旋臂水池（正在建设中）；六槽：推移质直水槽、U型折叠往返式水槽、大型断面波流水槽、环形水槽、精密实验玻璃水槽、地球流体力学旋转水槽；一筒：60MPa高压试验筒；一台：双六自由度仿真实验平台。

海洋科学类设施：600M核磁共振仪、扫描电镜、透射电镜、X射线显微镜、电子探针、X衍射仪、超高分辨液质联用仪（四极杆-静电场轨道阱）、高精度多介质稳定同位素比质谱仪等；海试类设施：沿海高速船（紫金港号）、水下滑翔机、海上试验平台、走航式多参数仪等。

可为浙大海洋学院的教学科研，以及各科研团队、企事业单位提供科研测试和技术服务。