麻雀虽小，五脏俱全。海洋学院虽然只是浙大的一个专业学院，但同时又承担了校区的管理服务功能。学院按照大部制的方式设置了10个副处级部门，承担校区和学院的日常行政管理事务，服务教学科研工作。除了科研管理部和图书信息中心两个管理部门外，其他内设机构都在行政楼办公。
